La Cala y Torre de Vigilancia del Desnarigado, desde el incidente de 1417 relatado por Jerónimo de Mascarenhas entre portugueses y el pirata berberisco, deja de ser noticia en Ceuta durante más de dos siglos.
A finales del siglo XVII, el Gobernador de Ceuta D. Francisco Bernardo Barona (1689-1692), debido a los graves enfrentamientos civiles que se sucedían en el país vecino, a la belicosidad del proclamado Sultán de Marruecos Mulay Ismaíl en 1672, así como a las pérdidas de las plazas cristianas de: la Mámora española en 1681, la Tánger Inglesa en 1684, el Larache español en 1689 y la Arcila portuguesa en 1691, ordenó la construcción de una nueva fortificación en la Cala del Desnarigado.
Sin embargo, es su sucesor el Marqués de Valparaiso D. González de Andia y Rozazabal, Álvarez de Toledo, Enríquez de Guevara Capitán General de la Ciudad de Ceuta quien, haciendo suya la preocupación de Bernardo Barona por tener bien defendida la Cala del Desnarigado, en apenas seis meses y con el celo y determinación de su Cabo Subalterno (Grado equivalente a un General 2º Jefe) D. Lorenzo de Ripalda, termina la construcción y artillado del nuevo fortín.
Gracias al plano original del Archivo de Simancas, fechado el 16 de mayo de 1693 podemos observar que:
El Castillo consistía en una sencilla Torre de planta semicircular con cinco piezas de artillería de avancarga de ánima lisa sobre cureñas de batalla, llamada (A) Reduto nuebo, el cual disponía de un pequeño edificio adosado a retaguardia con dos estancias: una la (C) Almacén para la polbora y cuerda ( elementos necesarios para efectuar el disparo y que debían estar a cubierto, a diferencia de las balas o proyectiles esféricos situados junto a las piezas de artillería en la parte superior de la Torre) y la otra (B) Entrada y escalera por donde se subía al Reduto.
Además, en la leyenda del plano original se señalan con la letra (F) La Cala y Desembarcadero y con la letra (G) Peñascos impracticables.
También observamos con la letra (D) Reduto antiguo que se tiene de reedificar y con la letra (E) Murallas Antiguas; ambas deben remontarse, cuando menos, a la fecha del desembarco del Desnarigado en 1417 en dicha Cala, si bien hay indicios que apuntan que esta pequeña torre y la muralla se remonta a la época romano-bizantina de Ceuta (siglos I al VI).
Poco tiempo después de la terminación del nuevo Castillo, en octubre de 1694, se iniciaba en Ceuta un intenso asedio que duraría 33 años, finalizando el mismo en abril de 1727, un mes después de la muerte del Mulay Ismaíl.
La recién Torre del Desnarigado dio buena prueba de su eficacia. El Historiador Correa da Franca narra cómo, encontrándose el Fuerte bajo el mando del Alférez D. Francisco Vicentelo, la noche del 3 de mayo de 1710 pasaba frente al Castillo una embarcación que desde Tetuán se dirigía a Gibraltar. Una descarga de los cañones del Desnarigado puso la pique, recogiéndose a la mañana siguiente fardos que contenían finos paños. La tripulación se puso a salvo con los botes en las playas de marruecos próximas.
Correa da Franca y Lucas Caro señalan, en sus respectivas obras, que en 1719, El Gobernador de Ceuta, D. Luis Rigio, Príncipe de Campo Florido, tiene noticias por un prisionero capturado por el Teniente del Regimiento Fijo de Ceuta D. Marcos de Vargas de que en el rio Tetuán había cien embarcaciones, y en sus inmediaciones unos 20.000 hombres y que esperaban otros 10.000 para hacer desembarco en la Almina, y al mismo tiempo atacar el frente y costados de la Plaza. Estas noticias se corroboraron con cartas en Cifra por los Religiosos Franciscanos de Tetuán, avisos de Gibraltar, Cádiz y otras partes. Con todo ello el mencionado Gobernador de Ceuta, entre otras medidas, ordena proveer de mucha y buena artillería y municiones los Castillos de, San Amaro, Santa Catalina, Desnarigado y Playa del Sachal, cerrando todos los pasos y atrincherando todas sus calas., y para que la caballería corriera con más ligereza a comunicar los avisos, se abrió una nueva comunicación desde el Sachal hasta el Desnarigado. Este camino es actualmente conocido como el “camino de ronda”.
El 4 de Junio de 1743, se declara en Ceuta la peste, terrible enfermedad contagiosa que llegó a producir, en poco más de un año, cerca de cuatro mil víctimas. Un tercio de la población total de Ceuta.
En los primeros días del inicio de la plaga ocurrió en Ceuta un hecho curioso relacionado con nuestra Fortaleza.
“D. Juan Carrión, cirujano del Regimiento de Murcia con sede en Ceuta, contrae matrimonio con Dª María de la Paz el 12 de junio de 1743 en la Iglesia Nuestra Señora de los Remedios ante el presbítero D. Juan Pinto, con despacho del Provisor, D Diego Correa que dispensó de las amonestaciones. Sin embargo, el cirujano Carrión, no solicitó autorización, que en aquella época se requería, del Vicario General Militar, quien enterado del caso, ordenó que éste fuese arrestado en el Castillo del Desnarigado sin permitírsele comunicar palabra alguna con la que creía ser su propia mujer y no permitiéndole hablar más que con el que llevase alimento. Como consecuencia de ello, se prescindió en Ceuta de los servicios del cirujano Carrión en una época muy necesaria de los mismos. En esta situación continuó el citado medico hasta la primera quincena de agosto de 1743 en que fue llevado a la Plaza de Armas para guardar su prisión y reconocer los que en su recinto enfermasen. Este cirujano estuvo en prisión hasta primeros de junio de 1744 en que el Obispo D. Martin de Barcia dio cuenta de un breve del Papa Benedicto XIV por el que se declaraba válido el matrimonio y se imponía a los que habían intervenido en su detención y prisión saludables penitencias y amonestándoles, que en el futuro no cometan semejante exceso.
El 9 de septiembre de 1744 se da por extinguida la peste, y se ordena relevar a todos los destacamentos del Hacho y Almina, Desnarigado incluido, cuyos componentes habían permanecido en sus puesto durante los quince meses que duró la enfermedad.
A finales del Siglo XVIII, se produce en el destacamento del Desnarigado, un suceso de trágicas consecuencias. El Libro de Ajusticiados del Archivo de la Real Casa de la Misericordia de Ceuta, reproducido parcialmente en el Apéndice XI de la obra de M. Criado y M.L. Ortega, dice así:
Mariano de los Rios, hijo de Antonio María Gertrudis, natural de México, Arzobispado de la misma, de edad de 24 a 25 años, de estado soltero. Fue ajusticiado en horca en el día 12 de julio de 1780, por haber muerto con su fusila un soldado del Regimiento de Ultonia, hallándose destacado en el Fuerte del Desnarigado. Martí de Acuña Cebollino, escribano.
Posteriormente, entre 1784 y 1800 se construyeron las pequeñas baterías de: la Torrecilla, de planta rectangular, a pie de playa, y la Batería de la Palmera, para, junto con el Castillo del Desnarigado, completar y asegurar la defensa de la Cala.
